diff --git a/README.md b/README.md index 0f37996..750c851 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -1,4 +1,9 @@ -# E01 Textural Features Blast Pipeline + + +

+

E01 Textural Features Blast Pipeline

+ Banner +

## Постановка задачи @@ -57,9 +62,9 @@ python3.12 -m venv .venv Подготовьте два каталога: - `data_root` — исходные изображения, object detection-разметка и - `predefined_classes.txt`; + `predefined_classes.txt` (использовался оригинальный рабор https://cloud.mail.ru/public/rb2S/BEfYpp1bq); - `masks_root` — копия структуры набора с масками в - `images_results/masks_sam`. + `images_results/masks_sam` (использовался оригинальный набор https://cloud.mail.ru/public/2Tb7/8kMa411XX, это тот же набор, что и первый, только дополненный масками). Скопируйте шаблон конфигурации и укажите абсолютные пути к этим каталогам: @@ -100,6 +105,35 @@ export E01_MASKS_ROOT=/absolute/path/to/data_masks make all ``` +Прогресс можно отслеживать в папке outputs/ — там будут появляться результаты прогона экспериента. +Наблюдать за прогрессом можно из второго терминала: +```bash +find outputs/crops/mask -type f | wc -l +find outputs/crops/mask_tight -type f | wc -l +du -sh outputs +``` +Ожидаемые конечные количества: 86 250 mask-кропов и 86 166 tight-mask-кропов. + +Для непрерывного контроля можно повторять проверку каждые 10 секунд (происходит подсчёт кол-ва файлов в директории outputs/ и подвсёт объёма директории outputs/): +```bash +while true; do + clear + date + PID=$(pgrep -f '[r]un_all_hypotheses.py' | head -1) + + if [[ -n "$PID" ]]; then + ps -p "$PID" -o pid,etime,%cpu,%mem,state,command + else + echo "Процесс run_all_hypotheses.py не найден" + fi + + du -sh outputs + find outputs -type f | wc -l + find outputs -type f -mmin -2 | tail -10 + sleep 10 +done +``` + Отдельные блоки запускаются командами: ```bash @@ -111,6 +145,9 @@ make h4 make h5 ``` +### Результаты запуска +Результаты запуска дополнительно положил в папку на [диске](https://disk.yandex.ru/d/AQoRU5WQVMBtxQ), чтобы можно было свериться. + Основной результат полного запуска — `outputs/reports/hypotheses/run_all_hypotheses_summary.md`. Численные таблицы находятся в `outputs/tables`, предсказания — в `outputs/predictions`, графики — diff --git a/docs/F0000002.jpg b/docs/F0000002.jpg new file mode 100644 index 0000000..e54958f Binary files /dev/null and b/docs/F0000002.jpg differ