Initial commit: project structure, scripts and documentation

2026-08-22 13:17:29 +03:00
commit 5042305df0
54 changed files with 14166 additions and 0 deletions
@@ -0,0 +1,150 @@
+# config_3d.py
+# =============================================================================
+# Конфигурация для 3D обработки данных Brain Tumour
+# АДАПТИРОВАНА ПОД ВАШ ПУТЬ
+# =============================================================================
+
+import os
+from pathlib import Path
+
+# =============================================================================
+# ПУТИ — ИСПРАВЛЕНО!
+# =============================================================================
+
+# Корень проекта (где лежит этот файл)
+PROJECT_ROOT = Path(__file__).parent.resolve()
+
+# !!! ВАЖНО: ВАШ ТОЧНЫЙ ПУТЬ К ДАННЫМ !!!
+DATA_ROOT = Path(r"D:\Radiomics_Data\Experiments\experiment-17-06-2026\Task01_BrainTumour\Task01_BrainTumour")
+
+# Папки с данными
+PATH_IMAGES_TRAIN = DATA_ROOT / "imagesTr"
+PATH_IMAGES_TEST = DATA_ROOT / "imagesTs"
+PATH_LABELS_TRAIN = DATA_ROOT / "labelsTr"
+
+# Папка для результатов
+OUTPUT_ROOT = PROJECT_ROOT / "data_3d_output"
+PATH_FEATURES = OUTPUT_ROOT / "features"
+PATH_LOGS = OUTPUT_ROOT / "logs"
+PATH_MODELS = OUTPUT_ROOT / "models"
+
+# =============================================================================
+# НАСТРОЙКИ ФАЙЛОВ
+# =============================================================================
+
+# Формат файлов
+FILE_EXTENSION = ".nii.gz"
+
+# =============================================================================
+# НАСТРОЙКИ ОБРАБОТКИ
+# =============================================================================
+
+# Максимальное количество пациентов (None = все)
+MAX_PATIENTS = None
+
+# Использовать параллельную обработку
+USE_PARALLEL = False  # Для отладки лучше False
+
+# Количество ядер для параллельной обработки
+N_JOBS = -1  # -1 = все ядра
+
+# =============================================================================
+# НАСТРОЙКИ RADIOMICS
+# =============================================================================
+
+RADIOMICS_SETTINGS = {
+    'minimumROIDimensions': 2,
+    'minimumROISize': None,
+    'normalize': True,
+    'normalizeScale': 100,
+    'removeOutliers': None,
+    'resampledPixelSpacing': None,
+    'interpolator': 'sitkBSpline',
+    'preCrop': True,
+    'padDistance': 5,
+    'distances': [1],
+    'force2D': False,
+    'force2Ddimension': 0,
+    'resegmentRange': None,
+    'label': 1
+}
+
+ENABLED_FEATURES = {
+    'firstorder': True,
+    'shape': True,
+    'glcm': True,
+    'glrlm': True,
+    'glszm': True,
+    'gldm': True,
+    'ngtdm': False,
+}
+
+ENABLED_IMAGE_TYPES = {
+    'Original': {},
+    'Wavelet': {},
+    'LoG': {'sigma': [1.0, 2.0, 3.0]},
+    'Square': {},
+    'SquareRoot': {},
+    'Logarithm': {},
+    'Exponential': {},
+    'Gradient': {}
+}
+
+
+# =============================================================================
+# ВСПОМОГАТЕЛЬНЫЕ ФУНКЦИИ
+# =============================================================================
+
+def ensure_directories():
+    """Создаёт все необходимые директории"""
+    print("\n📁 СОЗДАНИЕ ПАПОК:")
+    for path in [PATH_FEATURES, PATH_LOGS, PATH_MODELS]:
+        path.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
+        print(f"  ✅ {path}")
+    print()
+
+
+def print_structure():
+    """Выводит структуру проекта"""
+    print("\n" + "=" * 70)
+    print("🧠 3D РАДИОМИКА — BRAIN TUMOUR")
+    print("=" * 70)
+    print(f"  📂 Проект:          {PROJECT_ROOT}")
+    print(f"  📂 Данные:          {DATA_ROOT}")
+    print(f"  📂 Обучающие:       {PATH_IMAGES_TRAIN}")
+    print(f"  📂 Тестовые:        {PATH_IMAGES_TEST}")
+    print(f"  📂 Маски:           {PATH_LABELS_TRAIN}")
+    print(f"  📂 Результаты:      {PATH_FEATURES}")
+    print(f"  📂 Логи:            {PATH_LOGS}")
+    print("=" * 70 + "\n")
+
+
+def check_data():
+    """Проверяет наличие данных"""
+    print("🔍 ПРОВЕРКА ДАННЫХ:")
+    print("-" * 50)
+
+    for name, path in [
+        ("Обучающие изображения", PATH_IMAGES_TRAIN),
+        ("Тестовые изображения", PATH_IMAGES_TEST),
+        ("Маски", PATH_LABELS_TRAIN)
+    ]:
+        if path.exists():
+            files = list(path.glob(f'*{FILE_EXTENSION}'))
+            print(f"  ✅ {name}: {len(files)} файлов")
+        else:
+            print(f"  ❌ {name}: папка не найдена ({path})")
+
+    json_path = DATA_ROOT / "dataset.json"
+    if json_path.exists():
+        print(f"  ✅ dataset.json: {json_path}")
+    else:
+        print(f"  ❌ dataset.json: не найден")
+
+    print("-" * 50 + "\n")
+
+
+if __name__ == "__main__":
+    print_structure()
+    ensure_directories()
+    check_data()