Initial commit: project structure, scripts and documentation
This commit is contained in:
@@ -0,0 +1,204 @@
|
||||
{
|
||||
"cells": [
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "markdown",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"id": "9B_sc-M_NlTZ"
|
||||
},
|
||||
"source": [
|
||||
"Шаг 1. Устанавливаем библиотеку для работы с загрузкой данных по ссылке"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {
|
||||
"colab": {
|
||||
"base_uri": "https://localhost:8080/"
|
||||
},
|
||||
"id": "OsQErPaDDkmK",
|
||||
"outputId": "49149067-e8b9-42f8-acbe-15b2d80cd79e"
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"!pip install gdown\n"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "markdown",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"id": "_F6Rmsu4NviH"
|
||||
},
|
||||
"source": [
|
||||
"Шаг 3. Скачиваем и распаковываем файлы,з ная ID"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {
|
||||
"colab": {
|
||||
"base_uri": "https://localhost:8080/"
|
||||
},
|
||||
"id": "d19wjKXOLIyw",
|
||||
"outputId": "804d657b-dce7-4822-c631-b6a330801207"
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"import gdown\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"# ID файла с Google Диска\n",
|
||||
"file_id = '1qVrpV7vmhIsUxFiH189LmAn0ALbAPrgS'\n",
|
||||
"#https://drive.google.com/file/d/1qVrpV7vmhIsUxFiH189LmAn0ALbAPrgS/view?usp=drive_link\n",
|
||||
"# Формируем URL для скачивания\n",
|
||||
"url = f'https://drive.google.com/uc?id={file_id}'\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"# Скачиваем файл в директорию /content/\n",
|
||||
"file_path = '/content/my_file_name.tar'\n",
|
||||
"gdown.download(url, file_path, quiet=False)\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"# Распаковываем архив .tar\n",
|
||||
"import tarfile\n",
|
||||
"with tarfile.open(file_path, 'r') as tar:\n",
|
||||
" tar.extractall(path='/content/')\n",
|
||||
" print(\"Архив распакован в директорию /content/\")\n"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "markdown",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"id": "YNJiS-a6N4vg"
|
||||
},
|
||||
"source": [
|
||||
"Шаг 4. Просматриваем структуру и описание данных в JSON"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {
|
||||
"colab": {
|
||||
"base_uri": "https://localhost:8080/"
|
||||
},
|
||||
"id": "_G-7skCHPJZ2",
|
||||
"outputId": "f0d8712c-1805-4a5d-c857-3c6b6659fc71"
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"import json\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"# Путь к файлу JSON\n",
|
||||
"json_file_path = '/content/Task08_HepaticVessel/dataset.json'\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"# Загружаем содержимое JSON файла\n",
|
||||
"with open(json_file_path, 'r') as f:\n",
|
||||
" dataset_info = json.load(f)\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"# Просмотрим содержимое JSON\n",
|
||||
"print(json.dumps(dataset_info, indent=4)) # Красиво выводим содержимое\n"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "markdown",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"id": "4GOfTVYdODLL"
|
||||
},
|
||||
"source": [
|
||||
"Шаг 5. Выводим для просмотра 20 случайных объектов с метками из обучающего набора."
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {
|
||||
"colab": {
|
||||
"base_uri": "https://localhost:8080/",
|
||||
"height": 1000
|
||||
},
|
||||
"id": "CTMaymbpP1IQ",
|
||||
"outputId": "e6ce5b6a-b949-4499-93e5-a7f8816bc888"
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"import random\n",
|
||||
"import nibabel as nib\n",
|
||||
"import matplotlib.pyplot as plt\n",
|
||||
"import numpy as np\n",
|
||||
"import os\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"# Папки с изображениями и метками\n",
|
||||
"images_dir = '/content/Task08_HepaticVessel/imagesTr'\n",
|
||||
"labels_dir = '/content/Task08_HepaticVessel/labelsTr'\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"# Фильтруем доступные файлы\n",
|
||||
"available_files = sorted([f for f in os.listdir(images_dir) if not f.startswith('._') and f.endswith('.nii.gz')])\n",
|
||||
"images = [os.path.join(images_dir, file) for file in available_files]\n",
|
||||
"labels = [os.path.join(labels_dir, file.replace('imagesTr', 'labelsTr')) for file in available_files]\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"# Проверяем количество файлов\n",
|
||||
"print(f\"Обнаружено {len(images)} изображений и {len(labels)} меток.\")\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"# Случайно выбираем 20 изображений\n",
|
||||
"random_indices = random.sample(range(len(images)), min(20, len(images)))\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"# Цветовая карта для меток\n",
|
||||
"cmap = plt.cm.colors.ListedColormap(['black', 'green', 'red']) # Цвета: фон, сосуды, опухоли\n",
|
||||
"bounds = [0, 1, 2, 3]\n",
|
||||
"norm = plt.cm.colors.BoundaryNorm(bounds, cmap.N)\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"# Визуализация изображений и меток\n",
|
||||
"for idx in random_indices:\n",
|
||||
" try:\n",
|
||||
" # Загружаем изображение и метку\n",
|
||||
" image = nib.load(images[idx]).get_fdata()\n",
|
||||
" label = nib.load(labels[idx]).get_fdata()\n",
|
||||
"\n",
|
||||
" # Поиск срезов с ненулевыми метками\n",
|
||||
" non_empty_slices = [z for z in range(label.shape[2]) if np.unique(label[:, :, z]).size > 1]\n",
|
||||
"\n",
|
||||
" if not non_empty_slices:\n",
|
||||
" print(f\"Все срезы в {images[idx]} содержат только фон.\")\n",
|
||||
" continue\n",
|
||||
"\n",
|
||||
" # Выбираем случайный срез с ненулевыми метками\n",
|
||||
" slice_index = random.choice(non_empty_slices)\n",
|
||||
" print(f\"Выбран срез {slice_index} для изображения {images[idx]}\")\n",
|
||||
"\n",
|
||||
" plt.figure(figsize=(10, 5))\n",
|
||||
"\n",
|
||||
" # Отображаем изображение\n",
|
||||
" plt.subplot(1, 2, 1)\n",
|
||||
" plt.imshow(image[:, :, slice_index], cmap='gray')\n",
|
||||
" plt.title(f'Изображение (Slice: {slice_index})')\n",
|
||||
" plt.axis('off')\n",
|
||||
"\n",
|
||||
" # Отображаем метки\n",
|
||||
" plt.subplot(1, 2, 2)\n",
|
||||
" plt.imshow(label[:, :, slice_index], cmap=cmap, norm=norm)\n",
|
||||
" plt.title('Метки')\n",
|
||||
" plt.axis('off')\n",
|
||||
"\n",
|
||||
" plt.show()\n",
|
||||
"\n",
|
||||
" except Exception as e:\n",
|
||||
" print(f\"Ошибка при обработке файла {images[idx]}: {e}\")\n"
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"metadata": {
|
||||
"accelerator": "GPU",
|
||||
"colab": {
|
||||
"gpuType": "T4",
|
||||
"provenance": []
|
||||
},
|
||||
"kernelspec": {
|
||||
"display_name": "Python 3",
|
||||
"name": "python3"
|
||||
},
|
||||
"language_info": {
|
||||
"name": "python"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"nbformat": 4,
|
||||
"nbformat_minor": 0
|
||||
}
|
||||
Reference in New Issue
Block a user