пофиксил README
This commit is contained in:
@@ -2,7 +2,7 @@
|
||||
|
||||
## Постановка задачи
|
||||
|
||||
Проверить, насколько интерпретируемые морфометрические, цветовые и текстурные признаки действительно полезны для автоматизированного обнаружения бластных клеток на микроскопических изображениях препаратов крови, если оценка проводится на реальных данных с разметкой объектов, масками и разделением по пациентам.
|
||||
Проверка, насколько интерпретируемые морфометрические, цветовые и текстурные признаки действительно полезны для автоматизированного обнаружения бластных клеток на микроскопических изображениях препаратов крови, если оценка проводится на реальных данных с разметкой объектов, масками и разделением по пациентам.
|
||||
|
||||
## Предмет проекта
|
||||
|
||||
@@ -12,17 +12,6 @@
|
||||
- переход от классификации отдельного объекта к анализаторно-ориентированной оценке изображения;
|
||||
- фиксация ограничений текущих данных и выделение задач, требующих нового корпуса.
|
||||
|
||||
## Текущий фокус
|
||||
|
||||
На первом этапе приоритет отдается только тем частям исследования, которые можно выполнить на локальных данных.
|
||||
|
||||
- object detection-разметка по пациентам;
|
||||
- автоматически построенные маски объектов;
|
||||
- patient-level разбиение;
|
||||
- морфо-текстурные признаки на уровне отдельных клеток;
|
||||
- image-level агрегирование как приближение к задаче автоматического анализатора.
|
||||
|
||||
Постановки, требующие явного разделения лимфобластов и миелобластов, внешней межлабораторной валидации и case-level клинических меток, вынесены во вторую часть плана.
|
||||
|
||||
## Навигация по проекту
|
||||
|
||||
@@ -174,6 +163,6 @@ make h5
|
||||
|
||||
- Основная постановка для текущих данных: `blast vs non-blast`, а не `lymphoblast vs myeloblast`.
|
||||
- Главная единица недопущения утечки: пациент.
|
||||
- В базовый patient-level протокол входят только `122` каталогов с patient id; специальный каталог `part-1` пока рассматривается отдельно до уточнения его происхождения.
|
||||
- В базовый patient-level протокол входят только `122` каталогов с patient id;
|
||||
- Основной сопоставитель объектов: порядок строк в `images_labels/*.txt` и индекс `obj_XXXX` в имени маски.
|
||||
- Первичная научная ценность текущего корпуса: воспроизводимая проверка полезности текстурных признаков, влияния масок и реалистичных условий data quality.
|
||||
- Научная ценность текущего экспериента: воспроизводимая проверка полезности текстурных признаков, влияния масок и реалистичных условий data quality.
|
||||
|
||||
+3
-8
@@ -1,11 +1,9 @@
|
||||
# Scripts Overview
|
||||
|
||||
This directory contains two kinds of scripts.
|
||||
Этот каталог содержит два типа скриптов.
|
||||
|
||||
## Public entry points
|
||||
|
||||
These scripts are intended to be launched directly by a researcher:
|
||||
|
||||
- `run_foundation.py` - prepares the shared experiment base (`A0-A5`).
|
||||
- `run_h1_interpretable_features.py` - checks hypothesis H1.
|
||||
- `run_h2_mask_effect.py` - checks hypothesis H2.
|
||||
@@ -16,13 +14,10 @@ These scripts are intended to be launched directly by a researcher:
|
||||
|
||||
## Internal orchestration and stage helpers
|
||||
|
||||
These files are used by the public entry points and are kept in the repository
|
||||
because they contain reusable implementation details:
|
||||
Эти файлы используются общедоступными точками входа и хранятся в репозитории,
|
||||
поскольку содержат детали реализации.
|
||||
|
||||
- `reproducibility_blocks.py` - high-level orchestration shared by public runners.
|
||||
- `run_a1_to_a4.py`, `run_a3_to_a5.py`, `run_a6_to_a11.py`, `run_a9_deep_baselines.py` - lower-level stage runners for the original experiment plan.
|
||||
- `build_modeling_workset.py` - prepares the modeling subset used by H5.
|
||||
- `render_markdown_report_html.py` - utility for rendering Markdown reports into HTML.
|
||||
|
||||
If you only want to reproduce the experiment, start with the public entry points
|
||||
or the `Makefile` targets documented in `README.md` and `docs/reproducibility_guide.md`.
|
||||
|
||||
Reference in New Issue
Block a user