пофиксил README

This commit is contained in:
2026-09-11 08:35:07 +03:00
parent 1f9b2f20bd
commit 5fc8edfe16
2 changed files with 6 additions and 22 deletions
+3 -14
View File
@@ -2,7 +2,7 @@
## Постановка задачи ## Постановка задачи
Проверить, насколько интерпретируемые морфометрические, цветовые и текстурные признаки действительно полезны для автоматизированного обнаружения бластных клеток на микроскопических изображениях препаратов крови, если оценка проводится на реальных данных с разметкой объектов, масками и разделением по пациентам. Проверка, насколько интерпретируемые морфометрические, цветовые и текстурные признаки действительно полезны для автоматизированного обнаружения бластных клеток на микроскопических изображениях препаратов крови, если оценка проводится на реальных данных с разметкой объектов, масками и разделением по пациентам.
## Предмет проекта ## Предмет проекта
@@ -12,17 +12,6 @@
- переход от классификации отдельного объекта к анализаторно-ориентированной оценке изображения; - переход от классификации отдельного объекта к анализаторно-ориентированной оценке изображения;
- фиксация ограничений текущих данных и выделение задач, требующих нового корпуса. - фиксация ограничений текущих данных и выделение задач, требующих нового корпуса.
## Текущий фокус
На первом этапе приоритет отдается только тем частям исследования, которые можно выполнить на локальных данных.
- object detection-разметка по пациентам;
- автоматически построенные маски объектов;
- patient-level разбиение;
- морфо-текстурные признаки на уровне отдельных клеток;
- image-level агрегирование как приближение к задаче автоматического анализатора.
Постановки, требующие явного разделения лимфобластов и миелобластов, внешней межлабораторной валидации и case-level клинических меток, вынесены во вторую часть плана.
## Навигация по проекту ## Навигация по проекту
@@ -174,6 +163,6 @@ make h5
- Основная постановка для текущих данных: `blast vs non-blast`, а не `lymphoblast vs myeloblast`. - Основная постановка для текущих данных: `blast vs non-blast`, а не `lymphoblast vs myeloblast`.
- Главная единица недопущения утечки: пациент. - Главная единица недопущения утечки: пациент.
- В базовый patient-level протокол входят только `122` каталогов с patient id; специальный каталог `part-1` пока рассматривается отдельно до уточнения его происхождения. - В базовый patient-level протокол входят только `122` каталогов с patient id;
- Основной сопоставитель объектов: порядок строк в `images_labels/*.txt` и индекс `obj_XXXX` в имени маски. - Основной сопоставитель объектов: порядок строк в `images_labels/*.txt` и индекс `obj_XXXX` в имени маски.
- Первичная научная ценность текущего корпуса: воспроизводимая проверка полезности текстурных признаков, влияния масок и реалистичных условий data quality. - Научная ценность текущего экспериента: воспроизводимая проверка полезности текстурных признаков, влияния масок и реалистичных условий data quality.
+3 -8
View File
@@ -1,11 +1,9 @@
# Scripts Overview # Scripts Overview
This directory contains two kinds of scripts. Этот каталог содержит два типа скриптов.
## Public entry points ## Public entry points
These scripts are intended to be launched directly by a researcher:
- `run_foundation.py` - prepares the shared experiment base (`A0-A5`). - `run_foundation.py` - prepares the shared experiment base (`A0-A5`).
- `run_h1_interpretable_features.py` - checks hypothesis H1. - `run_h1_interpretable_features.py` - checks hypothesis H1.
- `run_h2_mask_effect.py` - checks hypothesis H2. - `run_h2_mask_effect.py` - checks hypothesis H2.
@@ -16,13 +14,10 @@ These scripts are intended to be launched directly by a researcher:
## Internal orchestration and stage helpers ## Internal orchestration and stage helpers
These files are used by the public entry points and are kept in the repository Эти файлы используются общедоступными точками входа и хранятся в репозитории,
because they contain reusable implementation details: поскольку содержат детали реализации.
- `reproducibility_blocks.py` - high-level orchestration shared by public runners. - `reproducibility_blocks.py` - high-level orchestration shared by public runners.
- `run_a1_to_a4.py`, `run_a3_to_a5.py`, `run_a6_to_a11.py`, `run_a9_deep_baselines.py` - lower-level stage runners for the original experiment plan. - `run_a1_to_a4.py`, `run_a3_to_a5.py`, `run_a6_to_a11.py`, `run_a9_deep_baselines.py` - lower-level stage runners for the original experiment plan.
- `build_modeling_workset.py` - prepares the modeling subset used by H5. - `build_modeling_workset.py` - prepares the modeling subset used by H5.
- `render_markdown_report_html.py` - utility for rendering Markdown reports into HTML. - `render_markdown_report_html.py` - utility for rendering Markdown reports into HTML.
If you only want to reproduce the experiment, start with the public entry points
or the `Makefile` targets documented in `README.md` and `docs/reproducibility_guide.md`.