пофиксил README
This commit is contained in:
@@ -2,7 +2,7 @@
|
|||||||
|
|
||||||
## Постановка задачи
|
## Постановка задачи
|
||||||
|
|
||||||
Проверить, насколько интерпретируемые морфометрические, цветовые и текстурные признаки действительно полезны для автоматизированного обнаружения бластных клеток на микроскопических изображениях препаратов крови, если оценка проводится на реальных данных с разметкой объектов, масками и разделением по пациентам.
|
Проверка, насколько интерпретируемые морфометрические, цветовые и текстурные признаки действительно полезны для автоматизированного обнаружения бластных клеток на микроскопических изображениях препаратов крови, если оценка проводится на реальных данных с разметкой объектов, масками и разделением по пациентам.
|
||||||
|
|
||||||
## Предмет проекта
|
## Предмет проекта
|
||||||
|
|
||||||
@@ -12,17 +12,6 @@
|
|||||||
- переход от классификации отдельного объекта к анализаторно-ориентированной оценке изображения;
|
- переход от классификации отдельного объекта к анализаторно-ориентированной оценке изображения;
|
||||||
- фиксация ограничений текущих данных и выделение задач, требующих нового корпуса.
|
- фиксация ограничений текущих данных и выделение задач, требующих нового корпуса.
|
||||||
|
|
||||||
## Текущий фокус
|
|
||||||
|
|
||||||
На первом этапе приоритет отдается только тем частям исследования, которые можно выполнить на локальных данных.
|
|
||||||
|
|
||||||
- object detection-разметка по пациентам;
|
|
||||||
- автоматически построенные маски объектов;
|
|
||||||
- patient-level разбиение;
|
|
||||||
- морфо-текстурные признаки на уровне отдельных клеток;
|
|
||||||
- image-level агрегирование как приближение к задаче автоматического анализатора.
|
|
||||||
|
|
||||||
Постановки, требующие явного разделения лимфобластов и миелобластов, внешней межлабораторной валидации и case-level клинических меток, вынесены во вторую часть плана.
|
|
||||||
|
|
||||||
## Навигация по проекту
|
## Навигация по проекту
|
||||||
|
|
||||||
@@ -174,6 +163,6 @@ make h5
|
|||||||
|
|
||||||
- Основная постановка для текущих данных: `blast vs non-blast`, а не `lymphoblast vs myeloblast`.
|
- Основная постановка для текущих данных: `blast vs non-blast`, а не `lymphoblast vs myeloblast`.
|
||||||
- Главная единица недопущения утечки: пациент.
|
- Главная единица недопущения утечки: пациент.
|
||||||
- В базовый patient-level протокол входят только `122` каталогов с patient id; специальный каталог `part-1` пока рассматривается отдельно до уточнения его происхождения.
|
- В базовый patient-level протокол входят только `122` каталогов с patient id;
|
||||||
- Основной сопоставитель объектов: порядок строк в `images_labels/*.txt` и индекс `obj_XXXX` в имени маски.
|
- Основной сопоставитель объектов: порядок строк в `images_labels/*.txt` и индекс `obj_XXXX` в имени маски.
|
||||||
- Первичная научная ценность текущего корпуса: воспроизводимая проверка полезности текстурных признаков, влияния масок и реалистичных условий data quality.
|
- Научная ценность текущего экспериента: воспроизводимая проверка полезности текстурных признаков, влияния масок и реалистичных условий data quality.
|
||||||
|
|||||||
+3
-8
@@ -1,11 +1,9 @@
|
|||||||
# Scripts Overview
|
# Scripts Overview
|
||||||
|
|
||||||
This directory contains two kinds of scripts.
|
Этот каталог содержит два типа скриптов.
|
||||||
|
|
||||||
## Public entry points
|
## Public entry points
|
||||||
|
|
||||||
These scripts are intended to be launched directly by a researcher:
|
|
||||||
|
|
||||||
- `run_foundation.py` - prepares the shared experiment base (`A0-A5`).
|
- `run_foundation.py` - prepares the shared experiment base (`A0-A5`).
|
||||||
- `run_h1_interpretable_features.py` - checks hypothesis H1.
|
- `run_h1_interpretable_features.py` - checks hypothesis H1.
|
||||||
- `run_h2_mask_effect.py` - checks hypothesis H2.
|
- `run_h2_mask_effect.py` - checks hypothesis H2.
|
||||||
@@ -16,13 +14,10 @@ These scripts are intended to be launched directly by a researcher:
|
|||||||
|
|
||||||
## Internal orchestration and stage helpers
|
## Internal orchestration and stage helpers
|
||||||
|
|
||||||
These files are used by the public entry points and are kept in the repository
|
Эти файлы используются общедоступными точками входа и хранятся в репозитории,
|
||||||
because they contain reusable implementation details:
|
поскольку содержат детали реализации.
|
||||||
|
|
||||||
- `reproducibility_blocks.py` - high-level orchestration shared by public runners.
|
- `reproducibility_blocks.py` - high-level orchestration shared by public runners.
|
||||||
- `run_a1_to_a4.py`, `run_a3_to_a5.py`, `run_a6_to_a11.py`, `run_a9_deep_baselines.py` - lower-level stage runners for the original experiment plan.
|
- `run_a1_to_a4.py`, `run_a3_to_a5.py`, `run_a6_to_a11.py`, `run_a9_deep_baselines.py` - lower-level stage runners for the original experiment plan.
|
||||||
- `build_modeling_workset.py` - prepares the modeling subset used by H5.
|
- `build_modeling_workset.py` - prepares the modeling subset used by H5.
|
||||||
- `render_markdown_report_html.py` - utility for rendering Markdown reports into HTML.
|
- `render_markdown_report_html.py` - utility for rendering Markdown reports into HTML.
|
||||||
|
|
||||||
If you only want to reproduce the experiment, start with the public entry points
|
|
||||||
or the `Makefile` targets documented in `README.md` and `docs/reproducibility_guide.md`.
|
|
||||||
|
|||||||
Reference in New Issue
Block a user