обновил README
This commit is contained in:
@@ -1,4 +1,9 @@
|
||||
# E01 Textural Features Blast Pipeline
|
||||
<!-- # E01 Textural Features Blast Pipeline -->
|
||||
|
||||
<p align="center">
|
||||
<h2>E01 Textural Features Blast Pipeline</h2>
|
||||
<img src="docs/F0000002.jpg" alt="Banner" width="75%">
|
||||
</p>
|
||||
|
||||
## Постановка задачи
|
||||
|
||||
@@ -57,9 +62,9 @@ python3.12 -m venv .venv
|
||||
Подготовьте два каталога:
|
||||
|
||||
- `data_root` — исходные изображения, object detection-разметка и
|
||||
`predefined_classes.txt`;
|
||||
`predefined_classes.txt` (использовался оригинальный рабор https://cloud.mail.ru/public/rb2S/BEfYpp1bq);
|
||||
- `masks_root` — копия структуры набора с масками в
|
||||
`images_results/masks_sam`.
|
||||
`images_results/masks_sam` (использовался оригинальный набор https://cloud.mail.ru/public/2Tb7/8kMa411XX, это тот же набор, что и первый, только дополненный масками).
|
||||
|
||||
Скопируйте шаблон конфигурации и укажите абсолютные пути к этим каталогам:
|
||||
|
||||
@@ -100,6 +105,35 @@ export E01_MASKS_ROOT=/absolute/path/to/data_masks
|
||||
make all
|
||||
```
|
||||
|
||||
Прогресс можно отслеживать в папке outputs/ — там будут появляться результаты прогона экспериента.
|
||||
Наблюдать за прогрессом можно из второго терминала:
|
||||
```bash
|
||||
find outputs/crops/mask -type f | wc -l
|
||||
find outputs/crops/mask_tight -type f | wc -l
|
||||
du -sh outputs
|
||||
```
|
||||
Ожидаемые конечные количества: 86 250 mask-кропов и 86 166 tight-mask-кропов.
|
||||
|
||||
Для непрерывного контроля можно повторять проверку каждые 10 секунд (происходит подсчёт кол-ва файлов в директории outputs/ и подвсёт объёма директории outputs/):
|
||||
```bash
|
||||
while true; do
|
||||
clear
|
||||
date
|
||||
PID=$(pgrep -f '[r]un_all_hypotheses.py' | head -1)
|
||||
|
||||
if [[ -n "$PID" ]]; then
|
||||
ps -p "$PID" -o pid,etime,%cpu,%mem,state,command
|
||||
else
|
||||
echo "Процесс run_all_hypotheses.py не найден"
|
||||
fi
|
||||
|
||||
du -sh outputs
|
||||
find outputs -type f | wc -l
|
||||
find outputs -type f -mmin -2 | tail -10
|
||||
sleep 10
|
||||
done
|
||||
```
|
||||
|
||||
Отдельные блоки запускаются командами:
|
||||
|
||||
```bash
|
||||
@@ -111,6 +145,9 @@ make h4
|
||||
make h5
|
||||
```
|
||||
|
||||
### Результаты запуска
|
||||
Результаты запуска дополнительно положил в папку на [диске](https://disk.yandex.ru/d/AQoRU5WQVMBtxQ), чтобы можно было свериться.
|
||||
|
||||
Основной результат полного запуска —
|
||||
`outputs/reports/hypotheses/run_all_hypotheses_summary.md`. Численные таблицы
|
||||
находятся в `outputs/tables`, предсказания — в `outputs/predictions`, графики —
|
||||
|
||||
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 130 KiB |
Reference in New Issue
Block a user