обновил README
This commit is contained in:
@@ -1,4 +1,9 @@
|
|||||||
# E01 Textural Features Blast Pipeline
|
<!-- # E01 Textural Features Blast Pipeline -->
|
||||||
|
|
||||||
|
<p align="center">
|
||||||
|
<h2>E01 Textural Features Blast Pipeline</h2>
|
||||||
|
<img src="docs/F0000002.jpg" alt="Banner" width="75%">
|
||||||
|
</p>
|
||||||
|
|
||||||
## Постановка задачи
|
## Постановка задачи
|
||||||
|
|
||||||
@@ -57,9 +62,9 @@ python3.12 -m venv .venv
|
|||||||
Подготовьте два каталога:
|
Подготовьте два каталога:
|
||||||
|
|
||||||
- `data_root` — исходные изображения, object detection-разметка и
|
- `data_root` — исходные изображения, object detection-разметка и
|
||||||
`predefined_classes.txt`;
|
`predefined_classes.txt` (использовался оригинальный рабор https://cloud.mail.ru/public/rb2S/BEfYpp1bq);
|
||||||
- `masks_root` — копия структуры набора с масками в
|
- `masks_root` — копия структуры набора с масками в
|
||||||
`images_results/masks_sam`.
|
`images_results/masks_sam` (использовался оригинальный набор https://cloud.mail.ru/public/2Tb7/8kMa411XX, это тот же набор, что и первый, только дополненный масками).
|
||||||
|
|
||||||
Скопируйте шаблон конфигурации и укажите абсолютные пути к этим каталогам:
|
Скопируйте шаблон конфигурации и укажите абсолютные пути к этим каталогам:
|
||||||
|
|
||||||
@@ -100,6 +105,35 @@ export E01_MASKS_ROOT=/absolute/path/to/data_masks
|
|||||||
make all
|
make all
|
||||||
```
|
```
|
||||||
|
|
||||||
|
Прогресс можно отслеживать в папке outputs/ — там будут появляться результаты прогона экспериента.
|
||||||
|
Наблюдать за прогрессом можно из второго терминала:
|
||||||
|
```bash
|
||||||
|
find outputs/crops/mask -type f | wc -l
|
||||||
|
find outputs/crops/mask_tight -type f | wc -l
|
||||||
|
du -sh outputs
|
||||||
|
```
|
||||||
|
Ожидаемые конечные количества: 86 250 mask-кропов и 86 166 tight-mask-кропов.
|
||||||
|
|
||||||
|
Для непрерывного контроля можно повторять проверку каждые 10 секунд (происходит подсчёт кол-ва файлов в директории outputs/ и подвсёт объёма директории outputs/):
|
||||||
|
```bash
|
||||||
|
while true; do
|
||||||
|
clear
|
||||||
|
date
|
||||||
|
PID=$(pgrep -f '[r]un_all_hypotheses.py' | head -1)
|
||||||
|
|
||||||
|
if [[ -n "$PID" ]]; then
|
||||||
|
ps -p "$PID" -o pid,etime,%cpu,%mem,state,command
|
||||||
|
else
|
||||||
|
echo "Процесс run_all_hypotheses.py не найден"
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
|
||||||
|
du -sh outputs
|
||||||
|
find outputs -type f | wc -l
|
||||||
|
find outputs -type f -mmin -2 | tail -10
|
||||||
|
sleep 10
|
||||||
|
done
|
||||||
|
```
|
||||||
|
|
||||||
Отдельные блоки запускаются командами:
|
Отдельные блоки запускаются командами:
|
||||||
|
|
||||||
```bash
|
```bash
|
||||||
@@ -111,6 +145,9 @@ make h4
|
|||||||
make h5
|
make h5
|
||||||
```
|
```
|
||||||
|
|
||||||
|
### Результаты запуска
|
||||||
|
Результаты запуска дополнительно положил в папку на [диске](https://disk.yandex.ru/d/AQoRU5WQVMBtxQ), чтобы можно было свериться.
|
||||||
|
|
||||||
Основной результат полного запуска —
|
Основной результат полного запуска —
|
||||||
`outputs/reports/hypotheses/run_all_hypotheses_summary.md`. Численные таблицы
|
`outputs/reports/hypotheses/run_all_hypotheses_summary.md`. Численные таблицы
|
||||||
находятся в `outputs/tables`, предсказания — в `outputs/predictions`, графики —
|
находятся в `outputs/tables`, предсказания — в `outputs/predictions`, графики —
|
||||||
|
|||||||
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 130 KiB |
Reference in New Issue
Block a user